Георг Флегель родился в Моравии. в семье сапожника. Начиная с 1580 года работает в Линце помощником в мастерской нидерландского живописца Лукаса ван Фалькенборха. Заданием Флегеля было дорисовывать фрукты, овощи и цветы на крупноформатных полотнах, изображавших корпоративные застолья или сценки на рынке.
В апреле 1597 года Флегель, при помощи Валькенборха, получает франкфуртское гражданство и открывает собственную мастерскую.
С 1600 художник пробует писать свои первые натюрморты, используя как натуру те фрукты и предметы, которыми обычно создавали фон на больших картинах.